然而，海军作战最是讲究，有炮而无船，有船而无阵法，同样无济于事。清军台湾水师虽有洋炮，却没有得力的战船，仍以老旧的鸟船、赶缯船为主，数量虽多，却全然不是西式战船的对手。
澎湖一战，台湾镇水师丢盔弃甲，战船或被击沉，或举白旗投降。杨国瑞年轻气盛，一面令海军战船继续搜剿清军战船，一面下令登陆澎湖，夺占清军炮台。
澎湖是台湾的门户，澎湖一失，台湾顿失屏障。
清朝在澎湖设置一个澎湖厅，隶属于台湾府。
步兵第二师副师长冯子材，率二团登陆澎湖。冯子材在征越战役中表现突出，被晋升为步二师副师长。此次征台，冯子材统率陆军主力。若表现得力，预计将成为台湾守备师的第一任师长。
所以，冯子材作战颇为卖力。他率领一千余名登陆兵，乘坐舢板，乘涨潮时登陆澎湖主岛。清军依托炮台阻击革命军。
冯子材指挥两个尖刀连，冒着炮火逼近清军炮台，与清军短兵相接。清军与革命军远距离对射火器，尚能差强应付。一旦短兵相接，清军不敢白刃战，或投降，或逃散。
澎湖是串列岛，四面环海。惊散逃窜的清军败兵，无路可去，最终只得投降革命军。
澎湖厅同知，也是个识时务的人，随即奉上公印，向革命军投降。
清朝的厅，与州县一样都是基层行政机构。但厅往往设在偏远的地方，时设时变，其主官称为“同知”或者“通判”。
在正常的州县里，同知、通判都是左贰官，隶属于知县、知州。厅同知，或者厅通判，却是掌印的正官，只是其官阶低于知县、知州。
第二天，杨国瑞登陆澎湖，在澎湖设置行辕，布置对台战事。征台军总人数还不足一万，杨国瑞打算先抚后剿，争取不战而屈人之兵。
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