清朝原有江南省，大致范围为明朝的南直隶，包括现在的安徽、江苏、上海两省一市。后来，因江南省经济过于强大，特将江南省析分为安徽、江苏两省。
但绿营在江南省的军制仍然保留了下来，即贯穿清朝始终的江南提督。江南绿营苏松镇包括本标三营、川沙、吴淞各营，防区地处长江入海口，地位至关重要。
然而，江南水师比广东水师、福建水师还要孱弱，在历史上留下了许多笑话。
史载，同治年间，上峰传下命令，让江南水师出海打击海盗。水师官兵惊恐不安，连夜将自家的战船烧毁、凿沉，第二天上报说船只损坏无法出海。上峰听后，明知江南水师怯战，却也只好作罢。
江南水师正是清朝水师力量的一个缩影。在第一次鸦片战争中，清朝水师战船折扣大半。战后，清廷财政拮据，无力重建水师。代之而起的，是湘军水师和广东红单船武装。
清军江南水师所倚重的，正是红单船武装。太平军占据天京第二年，清军便从广东雇来了红单船，交由水师军官指挥，对太平军颇具威胁。
历史上，红单船武装先后在福建、江苏、安徽等省与太平军作战，击毁太平军船只以千计，杀伤太平军以万计，夺获军火、粮食等物资数量惊人，给太平天国带来了严重的伤害。
但由于他们并非正规军，陷入了与湘军一样的窘境：需要自筹军饷。红单船武装除在广东协饷以外，在长江流域私设关卡，抽收厘金自给，甚至与太平军贸易自肥。
曾国藩回护湘军水师，自然就要打击红单船武装。日后，他便以红单船武装“抢劫商旅、杀害民众、虚报战功、勾通太平军”为由，陆续将其解散。
革命军南洋舰队官兵大多是广东人，与红单船上的船夫算是同乡。所以，情报局特工很早就把红单船武装渗透得千疮百孔。
南洋舰队路过吴淞口时，红单船武装不敢抵抗，对着空气放空炮。革命军要赶路，也懒得搭理他们，经吴淞口溯江而上，一路畅行无阻抵达镇江。
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